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1992年10月，由无线电工程系领导提议，经东南大学科研处批准和南京市公安局备案，原信息工程教研室（45教研组）的部分中青年教师成立了东南大学多媒体技术研究所。科研处批准吴乐南任所长，张树林、陈宁任副所长，富煜清为总工程师。

1999年，“信息工程教研室”与“数字信号处理研究室”合并为“信息科学与工程实验室”，属于无线电工程系（现信息科学与工程学院）的信号与信息处理学科，多媒体技术研究所成为信号与信息处理学科的一个分支机构。

2000年，学校组建校级研究/工程中心，多媒体技术研究所被批准为“东南大学多媒体技术工程研究中心”；作为主要技术支撑，同年5月经原江苏省计划与经济委员会批准成立“江苏省数码技术工程研究中心”，吴乐南任中心主任。

目前已在多媒体信号处理、通信信号处理等领域输出了一大批原创性成果，在国内外知名期刊会议上发表论文1000余篇，出版著作15部，承担国家、部委、地方政府、科研院所、企业以及国防项目100余项，获省部级二等奖、三等奖等各类奖励10余项，培养博士和硕士研究生300余人。